И снова с вами рубрика эпидемиологических заметок

[shi_ra]

если они вообще кому нужны?

После того как Минздрав по ошибке отправил нескольких здоровых стариков из домов престарелых по больницам и обвинил наш институт в неправильном тестировании, мы с ними вдрызг разругались и свернули всё тестирование. Ещё в пятницу спокойненько себе работали, и в пятницу же разразился скандал. Причём ошибки у нас быть не могло, ведь все данные поступают в компьютер, и выводы делает сам Минздрав. Но видимо в Минздраве серьёзно испугались, что дело может дойти до судов и вовремя подсуетились найти козла отпущения. Так или иначе я снова совершенно общественно бесполезна. Впрочем, если за две недели никто из старичков не заболеет, ситуация может опять развернуться на 180 градусов.

Между тем у нас понемногу открывают вспомогательные отделы, выпускают народ, и скоро мы наверное вернёмся к полноценной работе. Ура!

К вопросу о тестировании. Прочла любопытную статью о попытке разобраться с тестами.
https://cmmid.github.io/topics/covid19/global_cfr_estimates.html
Нужно учитывать, что сейчас публикуется очень много неотрецензированных статей (т.е. их ещё не изучили специалисты). И эта статья тоже ещё не прошла рецензию.

Необходимо понимать, что в ситуации нехватки тестов/рабочих рук (которая существует повсеместно) тестирование в большинстве стран проводится в первую очередь с целью предоставления медицинской помощи пациентам, а не с целью создания набора данных для их изучения эпидемиологами и статистиками. Поэтому статистика в разных странах может отличаться на порядки! Невозможно высчитать статистику смертности из подобного тестирования. Например, страна, где число случаев увеличивается, потому что она проводит больше тестирований, может контролировать свою эпидемию. В стране же, где сообщается об уменьшении количества новых случаев, ситуация может ухудшиться, либо потому, что ее система слишком перегружена, чтобы проводить адекватное тестирование, либо потому, что она сокращает тестирование по каким-то своим причинам.

А значит сравнение между разными странами может быть совершенно бессмысленным. Согласно приведённой выше статье разница по выявлению новых случаев заболевания между странами, которые много и хорошо тестируют и теми, где тестирование на очень низком уровне была аж в 20 раз. Это означает, например, что в одной стране, где зарегистрировано 1000 случаев COVID-19, на самом деле может быть 5000 инфицированных, а в другой стране, которая сообщает о 1000 случаев, их может быть 100 000!
Вот согласно этой статье ситуация в Израиле очень хорошая, даже лучше чем в Норвегии, а ситуация в Америке и Англии во много-много раз хуже. Впрочем чтобы понять это достаточно посмотреть на данные по тестам в worldometers. Мы там уже на втором после Арабских Эмиратов месте по тестированию (для зануд - страны в населением в 300 тысяч-миллион я в расчёт не брала).

К вопросу о серологических тестах (на антитела - чтоб понять, сколько народу на самом деле переболело). Сейчас всё время пишут, что многие страны начинают их проводить. Учтите, что до недавнего времени не было ни одного разрешённого FDA серологического теста (на днях видела только один разрешённый). Т.е. все тесты на антитела неточные и не откалиброванные, все они могут дать много ложнотрицательных и ложноположительных результатов. Есть много других типов коронавируса, которые не такие смертельные. В исследовании в Санта-Кларе, про которое все кричат, пользовались неразрешёнными китайскими тестами. Израиль вот тоже закупил тесты двух фирм (Abbot и DiaSorin), но эти тесты ещё тоже не сертифицированы, и мы их получим только после того как они получат все разрешения.

По остальным теориям конспирации и прочим "медицинским" сенсациям, которыми чуть ли не каждый день пестрят новостные сайты. То вакцины от туберкулёза помогают от вируса, то горячая вода (хорошо, что не ослиная моча). Все врачи в мире хором утверждают, что ни разу ни за одну эпидемию гриппа не видели такого количества трупов, которые вывозят грузовиками, и что нет никакого выхода кроме как предпринимать карантинные меры чтобы снизить распространение инфекции и не обрушить полностью систему здравоохранения. С другой стороны можно, конечно, по примеру Лукашенко сделать вид, что эпидемии нет и бабы новых нарожают. Вот только общество, которое выбирает сэкономить на пожилых и больных, обречено. Ведь выжившие обычно на достигнутом не останавливаются.

Хотя на личном фронте мне очень жаль оставшихся без работы, мне не хочется чтобы повысили налоги, я хочу и в театр, и к парикмахеру, и в Грецию в июне!

Comments

[inga-den.livejournal.com]

Конечно, пиши, ужасно интересно мнение специалиста!
Только ты чуток перепутала - не ослиная моча, а коровья! Коровья моча помогает! )))
Я читала статью, что об уровне заболеваемости наиболее адекватно можно судить по количеству смертей (мол, людей, даже с симптомами, можно особо не тестировать, а вот смерть скрыть затруднительно). Что ты об этом думаешь?
Да, когда про этот скандал промелькнуло в новостях, я сразу о тебе вспомнила... Как вообще такое могло случиться, что здоровых отправили к больным?!

[shi-ra.livejournal.com]

Ужасы какие. Всегда вспоминаю, как когда-то была знакома с тёткой, проповедовавшей уринотерапию :)))

Количество смертей зависит ещё и от того, как справляется с ситуацией система здравоохранения.

Да запросто. Во-первых во всех тестах есть какой-то процент ошибки. Ну и человеческий фактор никто не отменял.

[lev-m.livejournal.com]

Спасибо!

фалс-негативных - можно сказать "ложноотрицательных", я думаю.

[shi-ra.livejournal.com]

Да, ложнотрицательных и ложноположительных, исправлю

[nahman.livejournal.com]

Бардак с минздравом просто сногсшибательный какой-то.

[shi-ra.livejournal.com]

Да, они ужасно неэффективны.

[gali-s.livejournal.com]

Спасибо! Интересно мнение специалиста.

А что вы думаете по поводу теории о том, что вирус имеет лабораторное происхождение и т.д.? Китайцы усиленно отбиваются. Но французские публикации не такие уж бессмысленные. Именно французы открыли лабораторию в Ухани.
Моя невестка в Украине, ветеринар, много лет работала в вирусологической лаборатории, говорит, что она сразу заметила, что вирус ведёт себя очень нетипично.

[shi-ra.livejournal.com]

Статья в Nature развенчивает этот миф.

https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9

[sova-f.livejournal.com]

В Грецию в июне она хочет!
Ха-ха-ха! (*интонацию Мефистофеля вообразить самостоятельно*)

А за обзор большое спасибо.

[shi-ra.livejournal.com]

Очень хочу :(

[sestra-milo.livejournal.com]

Да, очень нужны, пиши, пожалуйста!

[shi-ra.livejournal.com]

Постараюсь

[sharel.livejournal.com]

Спасибо тебе огромное, и за работу и за то, что пишешь. И как пишешь.
Я вот как раз думаю, написать сегодня хроники или подождать еще. Запишу, наверно, а то забывается.

[shi-ra.livejournal.com]

Напиши конечно

[maior-meshkov.livejournal.com]

> Все врачи в мире хором утверждают, что ни разу ни за одну эпидемию гриппа не видели такого количества трупов, которые вывозят грузовиками, и что нет никакого выхода кроме как предпринимать карантинные меры чтобы снизить распространение инфекции и не обрушить полностью систему здравоохранения.

Это неправда. Здравоохранение оптимизировали до эпидемии. А те кто за это отвечают теперь истерят вместо того чтобы на нарах сидеть.

[shi-ra.livejournal.com]

Это в России что ли?

[eohippus-k.livejournal.com]

Во-первых - большое спасибо, и за работу и за пост. Кстати, в Израиле смертность по сравнению с прошлым годом снизилась.
https://www.health.gov.il/UnitsOffice/HD/PH/epidemiology/Pages/epidemiology_report.aspx?fbclid=IwAR0srvUingDSQ8s4pCdYzOpF9P_6J5SWNK2jLajxkgtjTHxcnv_uko57wKQ
Так что в отдельно взятой нашей стране до грузовиков с наваленными трупами дело пока, похоже, не дошло, по крайней мере в прошлом году я их не видел. Я просто помню как после небольшого землетрясения сейсмологи начинали требовать 100500 миллионов дотаций, после ураганов - метеорологи, сейчас - медики... Кстати, последним я бы дал, только проследил бы, чтобы на увеличение зарплат начальства пошло пошло не более половины...

[shi-ra.livejournal.com]

Ну конечно у нас нет. Но ведь их потому и нету, что быстро среагировали.
Я не знаю ничего ни о каких требованиях, да и сама ничего не требую :)

[blackqueen.livejournal.com]

У тебя замечательно получается «тамцит» (долго копалась в голове, пытаясь понять, какое русское слово больше подойдёт - компиляция, конспект или дайджест ))))

[shi-ra.livejournal.com]

Дайджест наверно :) Спасибо.

[galka-psisa.livejournal.com]

Спасибо за обзор!

[shi-ra.livejournal.com]

Рада стараться!

[lady-wave.livejournal.com]

Спасибо, что держите в курсе.
Здоровья вам и желанных поездок! Если не в июне, то в обозримом будущем.

[shi-ra.livejournal.com]

И вам здоровья!

[oita.livejournal.com]

Спасибо, что рассказываешь нам. Очень интересно, и тебе я верю больше чем всяким другим источникам.
Будь здорова! А театр, парикмахер и Греция подтянутся.

[shi-ra.livejournal.com]

Будь здорова, дорогая :)
А с Грецией совсем никак, да?

[http://users.livejournal.com/lilka__/]

תודה, מאוד מעניין
כששמעתי על הבלאגן, קיוויתי שתכתבי על זה
אתם לא העברתם תוצאות בצורה - חיובי/שלילי, מה הכוונה שמשרד הבריאות מפענח לבד ?

[shi-ra.livejournal.com]

"אתם לא העברתם תוצאות בצורה - חיובי/שלילי"

לא

אנחנו העברנו raw data
כל החישובים והמסקנות הם עושים בעצמם

Re: если они вообще кому нужны?

[mich-from-jrslm.livejournal.com]

Нужны, конечно же.
Спасибо.

Я как раз еще в шаббат, когда прочитал в новостях про то, что минздрав на Ваш институт наезжает, хотел у Вас спросить, в чем там дело, да постестнялся как-то.
Кстати, я в итоге и Вас не понял до конца. Было б хорошо, если б Вы подробнее объяснили.
Анализ-то вейцмановский (первоначальный) что по этим старикам показал? Отрицательный результат? Это точно проверено? А минздрав получил информацию об отрицательном результате, но далее передал по цепочке, что он положительный?

В общем, пишите, правда интересно. Надо полагать, не мне одному.

Re: если они вообще кому нужны?

[shi-ra.livejournal.com]

Мы передавали в минздрав необработанные данные, а они уже сами делали из них выводы и решали, кто отрицательный, а кто положительный. Это уже не говоря о том, что они нам приписали очень много ошибочных тестов, которые вообще у нас не делались.

[ejik-lj.livejournal.com]

Как ты правильно заметила, нахрен твои заметки нкому не нужны, кроме людей в ЖЖ.
Так как они показывают голую реальность
Тот бред что на полном серьезе несут, слушать нереально.
Фраза диктора (положительные новости) : "количество людей подключенных в ИВЛ снизилось, так же как и количество зараженных" показывает сильнейшие признаки дебилизма, но тем не менее выходит в эфир.
Обидно, что ситуация выгодна многим.
В фейсбуках, на полном серьезе обсуждается покупка тестов на виус, с пост советского пространства.
Там кто-то миллиардером станет на продажах палочек с ватой!
Ученным счас грантов грузовиками отсыпать, будут под самые бредовые теории.
У политиков свои интересы.
На остальных насрать ((.

[shi-ra.livejournal.com]

Тесты из России? Серьёзно???
Да они ж уже и серологический тест запатентовали. У Англии вон шесть тестов не работает, а в России - оппа, и первый попавшийся прекрасно подошёл, шоб было!

[ira-shira.livejournal.com]

Очень интнресно конечно.

[shi-ra.livejournal.com]

Значит не зря писала :)

[aleks-visero.livejournal.com]

Ну, как прибьём половину населения собственными же населения руками-так и закончим.

[motek.livejournal.com]

О, классно. В этой статье посчитали реальные случаи «моим» способом, только за летальность взяли больший процент. У меня тоже получилось что Израиль гораздо лучше Калифорнии и тем более США в целом. Но интересно - кажется будто в Израиле ниже летальность, передавали что из подключённых к ИВЛ умирают 30%, а в мире это около 70%! А если летальность почему-то низкая то значит расчёт другой, и реальных случаев больше. Но не на порядок конечно.

С минздравом какой-то позор. Что интересно, похоже так везде. В Штатах тоже был скандал с СДС с тестами вначале (они настаивали на своих тестах которые мало того что их недостаточно, они оказались полным дерьмом), и ещё где-то, кажется в России, похожая история. Очень некрасивый и ненужный скандал. С другой стороны в целом показатели в Израиле одни из лучших в мире, значит минздрав не совсем уж провалил свою функцию, как-то его критикуют уже слишком. Т.е. в других странах ещё хуже. :)

[shi-ra.livejournal.com]

Как может быть такая разница в летальности? Как-то это объясняют?

Позор, позор. То что в других странах хуже даже не очень утешает когда видишь такой непрофессионализм.

[virginian.livejournal.com]

Спасибо, очень информативный пост получился.

[shi-ra.livejournal.com]

Я рада.

[lolka-gr.livejournal.com]

Кир, а что это в интернетах было про какие-то китайские левые тесты, которыми невозможно пользоваться?

[shi-ra.livejournal.com]

Не знаю. Ты об этом?
https://www.ynetnews.com/article/HJvaRRaOU

[sewa7.livejournal.com]

Непонятно, что с послаблениями изоляции населения. Не знаю, как в других местах, но, например, в иерусалимской больнице Шарей Цедек в ускоренных темпах готовят новые места для зараженных короновирусом. Обустраивает палаты для подключения аппаратов ИВЛ. Готовятся к сильной вспышке?

[shi-ra.livejournal.com]

Готовятся к любому сценарию, я думаю.

[krajuxa.livejournal.com]

В статье они берут за основу данные Кореи и раннего Уженя. А это означает что любые выкладки уже хромают на одну ногу. Что там в Ужени было думаю даже официальные китайцы не знают, а что знают до конца не скажут. Далее ложно положительные и ложно отрицательные в тех тестах которые сейчас проводятся составляют на сколько я знаю 5-10%. Это значит что ошибка диагностики ну очень велика. Поэтому собственно проверяют только тех у кого наблюдается клиническая картина. А это как известно означает что мимо радара проходят около скажем 50 % асимптотичных. Так что для оценки картины было бы правильнее следить за серологией, что бы иметь хоть какое то представление на каком мы свете.

[shi-ra.livejournal.com]

С одной стороны китайской статистике я не верю. С другой стороны подсчёты в статье коррелируют со статистикой на worldometers.

5-10% ошибки это немного. В ПЦР всегда могут быть ошибки, но конкретно в этом тесте делают калибровку по нескольким генам.

"Поэтому собственно проверяют только тех у кого наблюдается клиническая картина"

Думаю, всё же не поэтому, а потому что проверяют тех, кого нужно лечить. На остальных нет ресурсов.

Серология это правильно, но если нет таких тестов, исходят из того, что есть.

[lenchik-v.livejournal.com]

Кира, а открыть вас по вашему прямому назначению не собираются? Мы уже с ришона вернулись в лабу, хотя и в 30% составе и со всеми мерами предосторожности.

[shi-ra.livejournal.com]

Ну 30% это ж курам на смех. Мне нужен FACS, а он закрыт. Теперь его открывают, но приборы нужно готовить самим. А у меня в это время эксперимент. Я не могу и клетки выделять, и прибор готовить. Очень все сложно.